五運六氣中的客運、客氣因素是每年氣候特殊性的關鍵
五運六氣的概念由中運、主運、客運、主氣、客氣共五部分組成。
所謂的“五運”，即是把一年之長度按主運一分為五並配以五行用於反映一年四季氣候的普遍性規律，又把一年長度按客運一分為五並配以五行用於反映具體某一年四季特有的特殊性規律。
所謂的“六氣”，即是把一年之長度按主氣一分為六並配以六氣用於反映氣候對人體影響的普遍規律，又把一年長度按客氣一分為六並配以司天在泉用於反映具體某一年氣候對人體影響的特殊性規律。
中運，亦稱歲運，由年份天干決定。即甲己為土運、乙庚為金運、丙辛為水運、丁壬為木運、戊癸為火運，且硬性規定陽干為太過，陰乾為不及。例如甲子年必為土運太過，乙丑年必為金運不及。清楚歲運的太過與不及其意義有二，一為凡太過之年，時未至而氣先至，即各運之氣先於大寒節氣而至；不及之年，時已至而氣未至，各運之氣都後於大寒節氣而至。其二為凡太過之年氣候上會出現太過的運氣流行，如土運太過則雨濕流行、金運太過則燥氣流行、水運太過則寒氣流行、木運太過則風氣流行、火運太過則炎暑流行；凡不及之年氣候上會出現各運所乘的運氣大行，如土運不及則木來乘之風氣大行、金運不及則火來乘之炎熱大行、水運不及則土來乘之雨濕大行；木運不及則金來乘之燥氣大行、火運不及則水來乘之寒氣大行。
前文提到的主運（即一年五季）需要靠中運來定義各季的太過與不及，且太與少必然交錯分布。因為中運實質就是主運的宮商角徵羽五運之一，故從中運的太過與不及順推和逆推就可得到主運宮商角徵羽五運的太少情況。例如甲子年中運為太宮（即土運太過），即可直接知道主運有太宮，順推太宮後必然是少商和太羽，逆推知太宮前必然是少徵和太角。
客運，雖然亦是把一年一分為五，與主運的區別是，它以中運為始運而不是固定地以角運為始運。再以五行相生之序和太少相隔的特點，則可知道其後四運。例如甲子年中運為太宮，即可直接知道客運的初運為太宮，順推則知隨後為少商、太羽、少角、太徵。
客氣，是以陰生陽長之序排列，即上古醫家鬼臾區認識到的三陰以厥陰為一陰（因為是陰盡陽生之經，故陰氣最少），少陰為二陰，太陰為三陰；三陽以少陽為一陽，陽明為二陽，太陽為三陽，故客氣排列次序為：厥陰、少陰、太陰、少陽、陽明、太陽，即風、熱、濕、火、燥、寒，並依次把一年分為在泉左間、司天右間、司天、司天左間、在泉右間、在泉共六等分（六步）。六步再分別配以六氣，其中：
子午之年：少陰君火司天，陽明燥金在泉（熱與燥為同類之氣）
卯酉之年：陽明燥金司天，少陰君火在泉（熱與燥為同類之氣）
寅申之年：少陽相火司天，厥陰風木在泉（風與火為同類之氣）
巳亥之年：厥陰風木司天，少陽相火在泉（風與火為同類之氣）
辰戌之年：太陽寒水司天，太陰濕土在泉（濕與寒為同類之氣）
丑未之年：太陰濕土司天，太陽寒水在泉（濕與寒為同類之氣）
故記憶之法可為：亥子丑寅卯辰分別是一陰、二陰、三陰、一陽、二陽、三陽司天，牢記此特點後，就可從亥對應於巳，知道巳也為一陰司天，根據寅申與巳亥為一組，又可推知寅申為一陰在泉，其餘地支類推。
司天在泉之氣必為同類之氣，如子午卯酉四正位配君火與燥金的本質為熱與燥為同類，故《內經》雲“金火合德，民病燥熱”；寅申巳亥四長生配相火與風木的本質為火與風為同類，故云“風火合德，民病風火”；辰戌丑未四墓庫配寒水與濕土的本質為寒與濕為同類，故云“水土合德，民病寒濕”。
十二支之所以這樣配六氣，是因為三陰三陽六氣有正化和對化之不同。正化、對化之說出自王冰的《玄珠密語》。所謂正化就是指生六氣本氣的一方。所謂對化就是指其對面受作用或相互影響的一方。換言之，“本位”是正化，與“本位”相對的就是對化。十二地支中的寅卯辰位於東方，巳未午在南方，申酉戌在西方，亥子丑在北方。午與子均為少陰君火，但午為南方火位，所以說午為君火的正化。子為北方的水位，雖然不是火位，但在南方午主君火的時候，則北方的子便與午相對，也成了君火之主，所以說子是君火的對化。未與丑均為太陰濕土，但未在西南方，未為六月月建，六月為長夏，土旺於長夏，所以說未為太陰濕土的正化。丑位東北方，在西南方未主太陰濕土的時候，則東北方的丑便與未相對，也成了太陰濕土之主，因此丑為太陰濕土的對化。寅與申均為少陽相火，火雖得南方的午位，但午已取君火之位，寅位東方，東方屬木，木能生火，火生於寅，所以寅為少陽相火的正化。申與寅相對，故申為少陽相火的對化。酉與卯均為陽明燥金，但酉位正西方，西方屬金，所以酉為陽明燥金的正化。卯與酉相對，故卯為陽明燥金的對化。戌與辰均為太陽寒水，但戌位西北方，西方屬金，北方屬水，因金能生水，為水之母，所以戌為太陽寒水的正化。辰與戌相對，故辰為太陽寒水的對化。亥與巳均為厥陰風木，但亥位北方，北方屬水，水能生木，為木之母，所以亥為厥陰風木的正化。巳與亥相對，故巳為厥陰風木的對化。
這種六氣正化對化之說為王冰所首倡，並為後世劉溫舒、李梃、張景岳等醫家所從。其中劉溫舒對此有精闢的論述，他在《運氣論奧》中謂：“六氣分上下左右而行天令，十二支分節令時日而司地化。上下相召，而寒、暑（熱）、燥、濕、風、火與四時之氣不同者，蓋相臨不一而使然也。六氣司於十二支者，有正對之化也。然厥陰所以司於巳亥者，何也?謂厥陰木也，木生於亥，故正化於亥，對化於巳也。雖有卯為正木之分，乃陽明金對化也，所以從生而順於巳也。少陰所以司於子午者，何也?謂少陰為君火尊位，所以正得南方離位，故正化於午，對化於子也。太陰所以司於醜未者，何也?謂太陰為土，土屬中宮，寄於坤位西南，居未分也，故正化於未，對化於醜也。少陽所以司於寅申者，何也?謂少陽相火，位卑於君火也，雖有午位，君火居之，火生於寅，故正化於寅，對化於申也。陽明所以司於卯酉者，何也?謂陽明為金，酉為西方，西方屬金，故正化於酉，對化於卯也。太陽所以司辰戌者，何也?謂太陽為水，雖有子位，以居君火對化，水乃伏土中，即六戌天門戌是也，六己地戶辰是也。故水雖土用，正化於戌，對化於辰也。……此天之陰陽合地氣十二支，動而不息者也”。
年運的變化，是以“司天”和“在泉”來表述的，大致是司天之氣影響上半年，在泉之氣影響下半年。