六氣的陰陽對應關係及其對《傷寒論》的影響
正因為太陽、少陰兩經出現了陰陽與寒熱關係的相反現象，故病理學上有《至真要大論》說的“少陰、太陽從本（或）從標”一語，即這兩經發病時到底是從本氣（寒或熱）還是從標氣（陰或陽）是不確定的，既可從本，亦可從標。
例如太陽經從本化寒，就是太陽經證中的蓄水證和傷寒證、中風證，相反若從標化陽，就是《傷寒論》中的蓄血證和溫病（見條文6，仲景把太陽經經證分為中風、傷寒、溫病三大類，但注意仲景溫病與清代的溫病學說所定義的溫病不同，吳又可、葉天士的溫病傳變方式為“邪從口鼻而入，首先犯肺，逆傳心包”，仲景溫病實為伏感溫病，王叔和在《傷寒例》中闡述“中而即病者，名曰傷寒，不即病者，名曰溫病”。清代醫家程鍾齡在《醫學心悟》的“傷寒類傷寒辨”中解得更明了，他說“冬時感寒不即發，伏藏於肌膚，至春因溫氣感觸而發者，名曰溫病。春猶不發，至夏因熱氣感觸而後發者，曰熱病”）。
同理，少陰病亦分寒化熱化兩類，當少陰從本化熱時代表方為黃連阿膠湯，相反若從標化陰時代表方為四逆湯。因為少陰、太陽的特殊關係（既可從本也可從標且互為表裡可以表裡互傳），故少陰與太陽常相提並論，且有太少兩感同病的特點。少陰經既不是人體最里之經脈（從六經傳變角度看，厥陰經為最里之經）也非最陰之經脈（從陰陽盛衰角度看，太陰經以子時為中心是陰之最），但少陰經的中心時點丑時正在子時延後一天地氣差（一個干支月）的位置上，其積累下來的陰氣是最多的，因此少陰病是六經中最凶危的病。例如，論及“死”的少陰病條文有六條（295、296、297、298、299、300條），厥陰病類似條文僅有四條（343、344、345、346條），又如傷寒兩大危證——白通湯對應的戴陽證和通脈四逆湯對應的格陽證均發生在少陰，而厥陰篇則出現“熱勝復”和“自愈”等條文。可見少陰病如果不死，到了厥陰雖然亦是重證，但已露出一線生機，最艱難時光已過。從上海市不同月份的平均日死亡人數看，每年1-2月為死亡高峰，即對應於醜月，這正是少陰病欲解時對應的正中位，為少陰所主。從這裡可看出，古人把艮位（丑位）稱為鬼門是有現象依據的。
厥陰，是“兩陰交盡”之意，可理解為“陰氣走向衰落喪失”，其中心時辰為寅時，亦可理解為一年的早春。但陽氣雖然來複但力量微弱，處於從陰入陽之關鍵時刻，故以陰中有陽為特點，以陰陽錯雜為病機。與之相似，陽明經亦是處於陰陽交接處（位於太陽與太陰之間連接點）,為從陽入陰之經。《至真要大論》認識到金木二經為生成之始終這種特殊性，故把兩經的從化方向歸於一類，即“陽明、厥陰不從標本，從乎中也”。“從乎中”就是從“中氣”，所謂的中氣是與本經互為標本之氣，因陽明胃與太陰脾相標本，厥陰肝與少陽膽相標本，故《六微旨大論》雲陽明的中氣為太陰，厥陰的中氣為少陽。陽明、厥陰的從中化是生理現象，但若從中太過與從中不及皆為病理。
陽明從中太過，則為陽明中寒證（吳茱萸湯證）或陽明發黃證（茵陳蒿湯證、梔子柏皮湯證、麻黃連翹赤小豆湯證、茵陳五苓散或茵陳理中湯證），如陽明從中不及則分為從本化燥的承氣湯證和從標化熱的白虎湯證兩類。
厥陰從中太過則化熱，為白頭翁湯證，如從中不及則分寒熱錯雜證（烏梅丸證、乾薑黃芩黃連人蔘湯證）和厥陰寒證（當歸四逆湯證）兩類。須注意，厥陰寒證與治少陰寒證不同，只宜用溫。如當歸四逆湯證雖有脈微細，但仲景只用桂枝湯加當歸、細辛、木通而不用姜附處治，即使內有寒者亦僅加吳茱萸、生薑。其理不難明了，厥陰中的寒證多少亦有少陽之火，風火同源而非寒邪極盛，辛熱之品並無用武之地，尤恐辛熱助木化火，動其肝風而灼真陰。厥陰忌用姜附的另一面，則是厥陰喜用芍藥。因為肝為血臟是厥陰肝最重要的生理病理特色，治療肝病時，即使是肝的氣分病也不能忘了血。古代疏肝理氣的三大名方：張仲景的四逆散是第一張方；宋代《和劑局方》的逍遙散是第二張方；明代張景岳在《景岳全書》中的柴胡疏肝散是第三張方。三方均有芍藥，另外厥陰代表方之一當歸四逆湯中就更有芍藥了。這與肝為血臟，體陰而用陽的特點是分不開的。
當代醫家姜建國指出，臨床上凡是在半夜子時發作的病，從天人相應的角度來講，首先應當考慮厥陰和少陽的問題。