五输穴五行属性中，阴经五输穴井、荥、输、经、合的五行属性分别为木、火、土、金、水；阳经五输穴井、荥、输、经、合的五行属性为金、水、木、火、土；它们都呈相生的关系，为什么“阴井木，阳井金”，阳经五行克阴经五行呢？据《难经》六十四难对此问题给予了解释：“是刚柔之事也，阴井乙木，阳井庚金，阳井金，庚者乙之刚也，阴井乙，乙者庚之柔也，乙为木，故言阴井木也，庚为金，故言井金也，余皆类此”。阴与阳相对，刚与柔相对，阳刚阴柔，金刚木柔，刚柔相济，其余四输依次类推。这样的配置，阴阳本身是自生，但彼此之间则相克，虽为相克，但实际则克中有生。
五输穴配五行应用于针灸的补泻法，例如肺经与大肠经因其属金，故治疗上实证需以水泻之，因丙辛合化水，故同取小肠（丙火）经本穴阳谷及肺（辛金）经本穴经渠。虚证则以土补之，因甲己合化土，故用胆经本穴临泣及脾经本穴太白。