六气的阴阳对应关系及其对《伤寒论》的影响
正因为太阳、少阴两经出现了阴阳与寒热关系的相反现象，故病理学上有《至真要大论》说的“少阴、太阳从本（或）从标”一语，即这两经发病时到底是从本气（寒或热）还是从标气（阴或阳）是不确定的，既可从本，亦可从标。
例如太阳经从本化寒，就是太阳经证中的蓄水证和伤寒证、中风证，相反若从标化阳，就是《伤寒论》中的蓄血证和温病（见条文6，仲景把太阳经经证分为中风、伤寒、温病三大类，但注意仲景温病与清代的温病学说所定义的温病不同，吴又可、叶天士的温病传变方式为“邪从口鼻而入，首先犯肺，逆传心包”，仲景温病实为伏感温病，王叔和在《伤寒例》中阐述“中而即病者，名曰伤寒，不即病者，名曰温病”。清代医家程钟龄在《医学心悟》的“伤寒类伤寒辨”中解得更明了，他说“冬时感寒不即发，伏藏于肌肤，至春因温气感触而发者，名曰温病。春犹不发，至夏因热气感触而后发者，曰热病”）。
同理，少阴病亦分寒化热化两类，当少阴从本化热时代表方为黄连阿胶汤，相反若从标化阴时代表方为四逆汤。因为少阴、太阳的特殊关系（既可从本也可从标且互为表里可以表里互传），故少阴与太阳常相提并论，且有太少两感同病的特点。少阴经既不是人体最里之经脉（从六经传变角度看，厥阴经为最里之经）也非最阴之经脉（从阴阳盛衰角度看，太阴经以子时为中心是阴之最），但少阴经的中心时点丑时正在子时延后一天地气差（一个干支月）的位置上，其积累下来的阴气是最多的，因此少阴病是六经中最凶危的病。例如，论及“死”的少阴病条文有六条（295、296、297、298、299、300条），厥阴病类似条文仅有四条（343、344、345、346条），又如伤寒两大危证——白通汤对应的戴阳证和通脉四逆汤对应的格阳证均发生在少阴，而厥阴篇则出现“热胜复”和“自愈”等条文。可见少阴病如果不死，到了厥阴虽然亦是重证，但已露出一线生机，最艰难时光已过。从上海市不同月份的平均日死亡人数看，每年1-2月为死亡高峰，即对应于丑月，这正是少阴病欲解时对应的正中位，为少阴所主。从这里可看出，古人把艮位（丑位）称为鬼门是有现象依据的。
厥阴，是“两阴交尽”之意，可理解为“阴气走向衰落丧失”，其中心时辰为寅时，亦可理解为一年的早春。但阳气虽然来复但力量微弱，处于从阴入阳之关键时刻，故以阴中有阳为特点，以阴阳错杂为病机。与之相似，阳明经亦是处于阴阳交接处（位于太阳与太阴之间连接点）,为从阳入阴之经。《至真要大论》认识到金木二经为生成之始终这种特殊性，故把两经的从化方向归于一类，即“阳明、厥阴不从标本，从乎中也”。“从乎中”就是从“中气”，所谓的中气是与本经互为标本之气，因阳明胃与太阴脾相标本，厥阴肝与少阳胆相标本，故《六微旨大论》云阳明的中气为太阴，厥阴的中气为少阳。阳明、厥阴的从中化是生理现象，但若从中太过与从中不及皆为病理。
阳明从中太过，则为阳明中寒证（吴茱萸汤证）或阳明发黄证（茵陈蒿汤证、栀子柏皮汤证、麻黄连翘赤小豆汤证、茵陈五苓散或茵陈理中汤证），如阳明从中不及则分为从本化燥的承气汤证和从标化热的白虎汤证两类。
厥阴从中太过则化热，为白头翁汤证，如从中不及则分寒热错杂证（乌梅丸证、干姜黄芩黄连人参汤证）和厥阴寒证（当归四逆汤证）两类。须注意，厥阴寒证与治少阴寒证不同，只宜用温。如当归四逆汤证虽有脉微细，但仲景只用桂枝汤加当归、细辛、木通而不用姜附处治，即使内有寒者亦仅加吴茱萸、生姜。其理不难明了，厥阴中的寒证多少亦有少阳之火，风火同源而非寒邪极盛，辛热之品并无用武之地，尤恐辛热助木化火，动其肝风而灼真阴。厥阴忌用姜附的另一面，则是厥阴喜用芍药。因为肝为血脏是厥阴肝最重要的生理病理特色，治疗肝病时，即使是肝的气分病也不能忘了血。古代疏肝理气的三大名方：张仲景的四逆散是第一张方；宋代《和剂局方》的逍遥散是第二张方；明代张景岳在《景岳全书》中的柴胡疏肝散是第三张方。三方均有芍药，另外厥阴代表方之一当归四逆汤中就更有芍药了。这与肝为血脏，体阴而用阳的特点是分不开的。
当代医家姜建国指出，临床上凡是在半夜子时发作的病，从天人相应的角度来讲，首先应当考虑厥阴和少阳的问题。